وی همواره با اظهار نظر بر خلاف آرای مشهور و رایج بین مسلمانان، موجب تشویش اذهان و آشفتگی در عقاید و باورهای مردم می‌شد، تا این‌که در هشتم رجب سال 705هـ.ق. قضات شهر به همراه ابن تیمیه در قصر نایب السلطنه حاضر شدند و کتاب «العقیده الواسطیه» وی قرائت شد. پس از دو جلسه مناظره با کمال‌الدین ابن زمکلانی و اثبات انحراف فکری و عقیدتی ابن تیمیه، وی به مصر تبعید شد و شاگرد وی جمال‌الدین مذّی، صاحب «تهذیب الکمال فی أسماء الرجال» شلاق خورد.
پس از تبعید ابن تیمیه حنبلی، از طرف حکومت در دمشق اعلام شد: هر کس عقاید ابن تیمیه حنبلی را داشته باشد، به ویژه حنبلی‌ها، خون و مالش مباح و هدر است.
این اعلامیه توسط ابن شهاب محمود در مسجد جامع دمشق قرائت شد. به دنبال انتشار این اعلامیه، حنبلی‌ها و افراد دیگری که در معرض اتهام بودند، از مذهب حنبلی اعلام برائت کردند و ادعای پیروی از مذهب و عقیده‌ی شافعی را نمودند.
گفتنی است ابن تیمیه حنبلی در سال‌های 699، 700 و 702هـ.ق. مردم را به مقاومت علیه حمله‌ی مغولان تشویق می‌کرد و در سال‌های 699 و 704هـ.ق. علیه شیعیان کسروان لبنان فتوای جهاد داده و در لشکرکشی دولت ممالیک بر ضد آنان نیز شرکت فعال داشت.
سپس در سال 706هـ.ق. امیر سیف‌الدین سلار، نایب مصر، سه تن از قضات فرقه‌ی شافعی، مالکی و حنبلی و نیز سه تن از فقها به نام‌های باجی، جوزی و نمراوی را احضار کرد تا در مورد ابن تیمیه تصمیم‌گیری نمایند. همگی رأی به آزادی او دادند مشروط به این‌که دست از عقاید خود بردارد اما ابن تیمیه از حضور در مجلس و قبول شرایط سرباز زد و اعتنایی به این جلسه و برگزار کنندگان آن نکرد.
در شوال سال 707هـ.ق. صوفیه به سبب جسارت‌های ابن تیمیه به ابن عربی، به دولت مصر شکایت کردند. داوری بر عهده‌ی قاضی شافعی واگذار گردید. مجلس محاکمه‌ای تشکیل شد ولی مطلب خاصی علیه ابن تیمیه ثابت نشد. ابن تیمیه در آن مجلس گفت: استغاثه منحصر به خداوند است و از پیامبر نمی‌شود طلب یاری کرد ولی می‌شود به او توسل جست و طلب شفاعت کرد.
قاضی بدرالدین ابن جماعه، احساس کرد که ابن تیمیه در قضیه‌ی توسل ادب را نسبت به پیامبر گرامی اسلام رعایت نمی‌کند؛ لذا نامه‌ای به قاضی شافعی نوشت تا او را به مقتضای شریعت، مجازات نماید. قاضی شافعی نیز گفت: من نسبت به ابن تیمیه همان سخنی را گفتم که به دیگر منحرفان می‌گویم. آن‌گاه دولت مصر ابن تیمیه را بین رفتن به دمشق، اسکندریه و زندان مخیر ساخت. ابن تیمیه زندان را برگزید و روانه‌ی زندان شد.
ابن تیمیه حنبلی در سال 708هـ.ق. از زندان آزاد شد ولی فعالیت مجدد وی باعث شد که در آخر ماه صفر 709هـ.ق. به اسکندریه‌مصر تبعید شود ولی پس از هشت ماه به قاهره بازگردانده شد.
در اواخر سال 716هـ.ق. بین سلطان محمد خدابنده ایلخانی و حمیضه امیر مکه، مذاکراتی برای بهتر شدن اوضاع شیعیان مکه انجام گرفت. امیر مکه قول مساعد داده بود. ظاهراً در این دوران ابن تیمیه در واکنش به این رخداد، کتاب «منهاج السنه النبویه فی نقض کلام الشیعه القدریه» را در رد کتاب «منهاج الکرامه فی إثبات الإمامه» حسن بن یوسف بن مطهر معروف به علامه حلی نوشته و با این منجس خواندن علامه حلی، با افترا و تهمت به عقاید شیعیان تاخته و باعث به هم خوردن روابط ایلخانیان و امیر مکه شد.
در بیست و دوم رجب سال 720هـ.ق. ابن تیمیه به دارالسعاده احضار شد. قضات و مفتیان مذاهب اسلامی، او را به سبب فتاوای خلاف مذاهب اسلامی مذمت نموده و به زندان محکوم کردند تا این‌که پس از 5 ماه و 8 روز زندانی شدن در روز دوشنبه دهم محرم سال 721هـ.ق. از زندان آزاد شد و به دمشق بازگشت. در سال 726هـ.ق. ابن تیمیه حنبلی روز جمعه در مسجد اموی در حال سخنرانی، جمله‌ی «إنَّ الله یُنزلُ إلی سماء الدّنیا کنزولی هذا» را گفته و با پایین آمدن از پله‌های منبر، جسمانیت خدا را نشان داد. در این هنگام ابن زهراء یکی فقهای مالکی به ابن تیمیه اعتراض کرد که با هجوم شاگردان متعصب حنبلی ابن تیمیه مواجه شد و مورد ضرب و شتم شدید آنان قرار گرفت. سپس به دستور قاضی حنابله تعزیر و به زندان محکوم شد. این واقعه، خشم فقهای مالکی و شافعی را برانگیخت و از ابن تیمیه نزد ملک الأمراء سبف‌الدین تنکز شکایت کردند.
ابن تیمیه در همان سال به خاطر نوشتن کتاب «زیاره القبور و الإستنجاد بالمقبور» که در آن فتوا به حرمت زیارت و توسل و قتل زائرین قبور داده بود، محاکمه شد و به همراه چند تن از شاگردانش به زندان محکوم شدند. ولی پس از مدتی آزاد شدند، تا این‌که در پایان همین سال ابن تیمیه را به خاطر فتاوای نادرست از جمله معصیت دانستن زیارت قبر پیامبر مسأله‌ی طلاق، جهت محاکمه نزد قاضی القضاه مالکی بردند ولی ابن تیمیه با امتناع از پاسخ به پرسش‌های قاضی، مدعی دشمنی قاضی با وی شد. قاضی القضاه مالکی دستور داد تا ابن تیمیه را در قلعه‌ای حبس کنند. وقتی به قاضی خبر رسید که برخی نزد ابن تیمیه رفت و آمد می‌کنند، گفت: اگر به خاطر کفری که از وی ثابت شده، کشته نشود، باید نسبت به وی سخت‌گیری شود و دستور انتقال وی به زندان انفرادی را صادر کرد. ابن تیمیه در اواخر عمر به خاطر نگارش کتاب فتنه‌انگیز، در زندان از قلم و دوات محروم گردید. سرانجام ابن تیمیه حنبلی شب دوشنبه 20 ذی‌القعده سال 728هـ.ق. در قلعه‌ی دمشق مُرد و او را در قبرستان صوفیان دمشق دفن کردند.
شرح حال ابن قیم جوزی
مهم‌ترین شاگرد ابن تیمیه، سرچشمه خباثت‌های وهابیان و دشمن امیرالمؤمنین ابن جوزی شمس‌الدین محمد بن أبی بکر بن ایوب بن سعد بن حریز روز هفتم رجب سال 691 هـ.ق. در منطقه زرع در فاصله 96 کیلومتری دمشق به دنیا آمد. او به ابن قیم جوزیّه شهرت دارد. به این علت که پدر او سرپرست و قیّم مدرسه جوزیه بود. ابن قیم در اواخر قرن هفتم و نیمه‌ی اول هشتم هجری در شام می‌زیست. قرن هفتم قرن هجوم ویرانگر لشکریان مغول به جهان اسلام بود. درست سی و پنج سال پیش از تولد ابن قیم، یعنی در سال 656 هـ.ق. بغداد به دست هلاکوخان سقوط کرد، «المستعصم بالله» آخرین خلیفه‌ی عباسی کشته شد و بدین ترتیب سلسله عباسی خاتمه یافت. شاگرد و مدافع ابن تیمیه بی‌شک ابن قیم جوزی است که در همه اقوال و عقاید تابع و حامی بی‌چون و چرا او بود و نشر و بسط عقاید ابن تیمیه را در زمان حیات او و پس از مرگ برعهده داشت و به همین سبب او را تازیانه زدند و سوار بر شتر در شهر گرداندند و با ابن تیمیه در قلعه دمشق زندانی کردند. او از سال 1312م./ 712هـ.ق.تا سال مرگ ابن تیمیه ملازم او بود و با مخالفان او درافتاد. از این رو نام او همیشه با نام استادش قرین است.
او از محضر اساتید متعددی استفاده برد که در بین آن‌ها افرادی مانند ذهبی. مزی و ابن تیمیه قرار دارند که مهم‌ترین آن‌ها ابن تیمیه است سرچشمه جریان وهابیت است. استادان ابن قیم معلمانی چون شهاب نابلسی، تقی‌الدین سلیمان، ابوبکر بن عبدالدائم عیسی مطعم، اسماعیل بن مکتوم، فاطمه بنت جوهر دانش آموخت، ادبیات را نزد ابوالفتح بعلی و مجدالدین تونسی و فقه و اصول را از صفی‌الدین هندی و ابن تیمیه و اسماعیل بن محمد حرانی فراگرفت.
ولی بیش‌ترین تأثیر را در آرای فقهی و کلامی از ابن تیمیه پذیرفت، چنان‌که در 21 سالگی هنگام بازگشت ابن تیمیه از مصر تا پایان عمر به مدت 16 سال شاگرد و ملازمش بود. و به دفاع از نظریات او می‌پرداخت. ابن جوزی را اصلی‌ترین شاگرد ابن تیمیه ورئیس شاگردانش نامیده‌اند. مهم‌ترین شاگردان ابن قیم عبارتند از: عبدالرحمن بن رجب بغدادی، اسماعیل بن عمر بن کثیر (ابن کثیر مفسر)، محمدبن عبدالقادر محی‌الدین نابلسی و فرزندانش ابراهیم و شرف‌الدین عبدالله.
برای ابن قیم جوزیه، پیش از 98 اثر ذکر شده که از میان آن‌ها می‌توان موارد زیر را برشمرد.
1- الصواعق المرسله
2- زاد المعاد
3- مفتاح دار السعاده و منثور ولایه العلم و الإراده

                                                    .